V roku 1995 vydal pamiatkový ústav v Bratislave publikáciu Dr. Vendelína Jankoviča, CSc. s názvom Trnavská univerzita-Kapitoly o dejinách univerzity v rokoch 1635-1777.
Dekan fakulty humanistiky dostal 30. mája 1999 prvý návrh na zriadenie Kabinetu dejín TU ako interného pracoviska katedry histórie. Akademický senát fakulty schválil jeho štatút 12. februára 2001. Kabinet pripravil niekoľko konferencií venovaných problematike dejín univerzity, vyšlo niekoľko štúdií, zborníkov a realizovali sa aj prvé výskumy v Staatsarchiv Viedeň i v Archivum Romanum Societatis Jesu v Ríme (vďaka sponzorovi Williamovi Schmidtovi). Vznikol aj projekt Dejiny Trnavskej univerzity ako kolektívne dielo k 375. výročiu založenia Trnavskej univerzity.
Rektor Trnavskej univerzity v Trnave prof. JUDr. Peter Blaho, CSc. navrhol zmeniť Kabinet dejín TU na samostatný Ústav dejín Trnavskej univerzity s celouniverzitnou pôsobnosťou. Tento návrh schválil Akademický senát Trnavskej univerzity dňa 12. októbra 2001. Je terminus a quo. Nastalo obdobie hľadania formy, personálneho obsadenia a finančného zabezpečenia ústavu.
Dňa 1. februára 2005 bol rektorom univerzity menovaný riaditeľ Ústavu dejín TU a 1. júla 2005 nastúpila vedecká výskumná pracovníčka, čím sa uzatvorila organizačná etapa. Ústav získal základné technické vybavenie a začal realizovať systematický výskum prameňov k dejinám Trnavskej univerzity v archívoch, knižniciach a múzeách doma i v zahraničí. Výstupy výskumu sú v prípade záujmu k dispozícii celej akademickej obci univerzity.
Súčasťou Ústavu dejín TU je Archív TU, ktorý uchováva a eviduje dokumenty od obnovenia Trnavskej univerzity v Trnave v roku 1992.