Prvým rektorom obnovenej Trnavskej univerzity (1992) sa stal astronóm a kresťanský intelektuál Anton Hajduk. Pred 30 rokmi ho za rektora Trnavskej univerzity vymenoval prezident ČSFR Václav Havel 12. mája 1992.
Takto si naňho nedávno zaspomínal v Denníku N doctor honoris causa Trnavskej univerzity František Mikloško:
"A nakoniec, pred tridsiatimi rokmi, 25. marca 1992 vznikla zákonom SNR Trnavská univerzita a 12. mája 1992 prezident Václav Havel vymenoval za jej prvého rektora Antona Hajduka. Vláda Vladimíra Mečiara v tom zrejme videla príliš silný odkaz Václava Havla a novembrovej garnitúry na Slovensku, a preto chcela menovanie rektora zneplatniť. Boli sme svedkami urputného zápasu o nezávislosť tejto univerzity.
Bol to rektor Anton Hajduk, rovnako predseda akademického senátu Michal Slivka a tiež Michal Horský, ktorí odviedli statočný zápas o univerzitu. Rovnako to bol vtedajší primátor Trnavy Imrich Borbélyi, arcibiskup Ján Sokol a rektori českých a slovenských vysokých škôl, ktorí univerzitu podržali. A boli to znovu muži Novembra spolu s politikmi KDH, ktorí nakoniec zviedli o univerzitu víťazný zápas."